ИМХО, это происходит от следующего коренного отличия: в выборах 1996 Ельцин не устраивал простых людей, их протесты замалчивали, да и возможностей объединения у них было меньше. Элиту же они полностью устраивали.
Результаты прошедших выборов не устроили некоторую группу элиты, имеющую ресурс для мобилизации и медиа-возможности. (Разумеется они не устроили и многих других, но без наличия этой элитной группы их протест ушел бы "в свисток", оказался бы замаскирован и незаметен, как и в 1996-м).